Działanie  Enterolu 250® (Saccharomyces boulardii) zostało opisane w ponad 300 publikacjach. Preparat został poddany testom w ponad 50 badaniach klinicznych oraz ponad 90 badaniach farmakologicznych. Łącznie obserwacji poddano ponad 3000 pacjentów. Na tej podstawie stwierdzono, że skutki uboczne po zastosowaniu Enterolu 250® dotyczą mniej niż 1/100 000 pacjentów.

Skutki uboczne w postaci fungemii po zastosowaniu Enterolu 250® odnotowano u 40 pacjentów spośród 310 milionów pacjentów poddanych leczeniu od 1984 roku (w tym roku wprowadzono monitoring działań niepożądanych). Dotyczyły one pacjentów, którzy byli hospitalizowani, z założonymi cewnikami do żyły centralnej, pacjentów z zaburzeniami odporności oraz pacjentów z ciężkimi schorzeniami przewodu pokarmowego lub leczonych dużymi dawkami leku Enterol 250®. Wśród innych działań niepożądanych w czasie badań klinicznych zaobserwowano bóle w nadbrzuszu oraz wzdęcia. Objawy te zwykle nie wymagały przerwania leczenia z wykorzystaniem leku Enterol 250®.